然而，这种交锋并没有变成一场正面对决。教会对学院的强大影响力，的确给学院造成了不少困难，但宗教势力反对进化论的态度其实并非始终如一，在正统与异端之间有着很大一片模糊地带。教会态度的模糊是很多方面的因素造成的。美国原本就没有统一的基督教会，各派别对进化论的接受程度不一样；不同学院和教会的紧密程度也不一样；此外，教会的态度也取决于学者或校长捍卫学术声誉的决心和能力。在这种捉摸不定的环境下，学者们往往搞不清学术的安全界限和正统观念的范围在哪儿，总是“不小心”就越过了界限，结果是许多温和的进化论者反而率先沦为牺牲者。我们先来看看最保守的神学院中的情况。1857年，南卡罗来纳州的哥伦比亚长老会神学院聘用了保守的詹姆斯·伍德罗，出任自然科学教授一职。
这位伍德罗教授始终致力于调和科学与神学之间的矛盾，但进化论的出现却使他的工作陷入困境。董事会开始怀疑伍德罗接受了进化论思想，于是要求其公开阐述立场。尽管伍德罗巧妙地使用《圣经》打消了董事会的疑虑，但教会还是抓住了他论述上的一个微小“漏洞”，并迫使董事会将其辞退。教会给出的解释是伍德罗的解释虽然不违背《圣经》，但与长老会的解释相抵触。当然，伍德罗的事件仅表明了，当时最保守的神学院对新思想的恐惧。相比之下，在更开明的东部学院里，科学和宗教之间的关系则要和谐很多，进化论的思想也更容易被学院接受。在1880年的耶鲁大学教师名单中，就有好几位是进化论者；而同时期的哈佛大学，在校长查尔斯·艾略特的带领下，正在成为进化论的大本营。
但实际上，即使是在这些学校中也存在一个思想冲突的领域。尽管这个领域也同样模糊，但学院的牧师院长们却一直在努力维持着这之间的界限。一旦冲突发生，他们就宣布：“进化论到此为止。”
可人为的控制并不奏效，一旦允许进化论进入大学，此后就很难对其进行封锁和禁止。19世纪末发生在耶鲁大学的波特—萨姆纳事件就是明证。
波特是耶鲁大学校长，他曾在1872年不顾宗教势力反对聘用了“离经叛道”的萨姆纳教授。但是在1879年，波特要求萨姆纳放弃使用英国思想家斯宾塞的《社会学研究》作为教科书，引发双方冲突。
斯宾塞将进化论引入对人类社会研究，开创了所谓的“社会达尔文主义”。波特不反对在自然科学领域讲授进化论，但反对社会学领域内的进化论，这种立场令萨姆纳非常惊讶，他认为波特反对教育领域内一切现代的东西。于是，萨姆纳与波特开始了笔战，结果不分胜负。董事会由于深知萨姆纳得到了教授会和公众舆论的支持，最终拒绝他辞职，萨姆纳方面也做了部分让步。不过这件事从长远来看，其实是萨姆纳赢了，他成了其他耶鲁教授的榜样，给了他们追求真理的信心和勇气。宗教势力对进化论学者的打压，起码持续到19世纪80年代。一些新成立的、以科研为中心的世俗学校甚至都未能幸免。比如，康奈尔大学和霍普金斯大学都曾拒绝聘用过宗教思想不够正统的学者，康奈尔副校长甚至因为同情“异端”也遭到董事会解雇。然而，所有这些破坏学院内部和谐稳定的事件，也激起了各方的反弹。
此前，校长扮演着“造反者”的角色，但他们太容易屈服于董事会或宗教团体，因此，反抗的重任现在就由教师们承担起来。他们有的诉诸媒体，有的诉诸法院，还有人像萨姆纳那样求助于同行。教师们的不满此时正汇聚成一场运动。在抗争中，教师的地位也得到了提升。由于教师受雇于董事会，因而要服从董事会的决定。但是，董事会在反对进化论过程中犯下的错误，削弱了他们以往的威信。他们对进化论摇摆不定的态度令教授们感到不可理喻。同时，进化论危机产生的一个结果是：它把一群志趣相投的学者和教师团结在一起，各种学术团体随之成立，逐渐成为能与董事会抗衡，甚至取代董事会的新力量。除此之外，打击进化论的行为也引起了公众的极大反感。
范德比尔特大学的温切尔的教授素以温和虔诚著称，却被扣上了“具有反叛思想”的帽子，并遭到解职，这成了自由派反击宗教势力的导火索。《科普月刊》谴责了大学的行为，并将温切尔比作伽利略。公众的愤怒难以遏制，这是因为，在这个思想启蒙的新时代，任何对理性的压制都意味着倒退；而在这个社会进步的时代，倒退就是一种严重的犯罪。在进化论危机以前，开明人士已经抨击教派对学院财政和管理的把控，现在，人们则将教会视为科学发展与社会进步的敌人。
所以，他们不是反对宗教，而是反对宗教对世俗知识领域的干预。也就是说，进化论者抨击的是教权主义思想。具体说来又包含两个维度：一个是从科学专业角度出发，另一个涉及的是科学伦理问题。
在达尔文以前，教士实际上也关注科学问题，因为他们在新教精神的感召下，也需要用科学来维护教义的正统性。但是，进化论与正统思想的不可调和性，让反对进化论的教士逐渐失去了从事科