九月，袁可立又上疏请求改革并精简兵马司兵卒，并将兵马司兵卒军饷提高。
有了上次的效果，朱翊釴对袁可立的话十分信服，遂准许其改革兵马司。
十月，袁可立将兵马司改革，设兵马司衙门，兵部侍郎一位，员外郎四位，主事十二位。
地方上，分别设兵备三十九道，每道负责一省，每省兵备道不定数，编制以卫、团、营、旅、队、什为主。
小县设一兵备旅，数量一百四十二人。
中县设一兵备旅，数量四百二十六人。
大县设一兵备团，数量一千二百七十八人。
若是省会，则是设一卫三千八百余人。
诸如两京这种地方，则是东、西县各设一卫，合计七千六百余人。
至于兵马员俸禄，也从原本的每年十五两增加到了二十两。
经过袁可立的改革，兵马司从原本臃肿的一百二十四万，裁汰为了八十六万。
从军队到兵马司，朱翊釴的改革成效显著。
不出意外，隆庆九年二月，兵部左侍郎孙传庭成为了皇帝对天下的传声筒，宣布对吏治进行裁汰改革。
尽管谁都知道皇帝接下来要对吏治进行改革，但谁都没想到居然真的有人敢站在皇帝那边。
要知道现在不是洪熙、不是景泰、也不是成化正德，如今的皇帝没有军功，朝野内外也不太平。
在这种节骨眼上站队皇帝，这并不是什么好选择。
大明立国已经二百六十九年，这个时期的西汉已经成了东汉，甚至连东汉都进入了灭亡倒计时。
这个时期的大唐距离灭亡也不过二十年时间，而两宋距离灭亡也不过五十年。
尽管人们知道不能以古论今，但却总避免不了对比。
更别提如今大明遍地灾情，全靠南洋和南洲、东北不断输送粮食才得以渡过过去八年时间了。
尽管朝廷一再再说小冰河期的活跃期持续不了太久，但眼看江南都积雪尺许，明眼人都看得出来这小冰河期恐怕不会那么快结束。
孙传庭的站队行为，在许多人看来，无疑很愚蠢……
三月，孙传庭被拔擢为吏部尚书，兼任京察巡抚。
朱翊釴发天子旗牌，准孙传庭便宜行事。
五月，孙传庭艰难招募了六千名五司京察官员后，便开启了浩浩荡荡的京察行动。
他从北京开始着手，这与前几次的京察不一样。
此前的京察是从下往上查，而孙传庭却从上往下查，并且先拿宫廷动手。
对此，孙传庭与朱翊釴交代出自己的想法。
孙传庭认为，内廷之中的太监贪婪成性，并且时常泄露消息给外廷之人，所以京察必须先从内廷太监宫女动手，其次便是对在京勋臣文官动手。
只要在京官员倒下，地方上的官员就没有了靠山，而陛下已经通过提高军饷和兵马司俸禄积攒了民心，哪怕地方有叛乱，也很难形成气候，随时了镇压。
孙传庭的想法很危险，但朱翊釴却认为很有道理，故此批准了他由上到下的京察思想。
五月二十四日，孙传庭正式开展京察。
仅一个半月时间，便有内廷太监大小七百多名被京察招供，吐出赃款二千四百二十六万两。
得知消息，朱翊釴震怒不已，在下旨处死这群太监后，竟气郁不豫，一病不起。
倒下前，朱翊釴令皇太子朱常清监国，并让朱常清继续支持孙传庭京察。
百官闻言，随即开始向朱常清弹劾孙传庭，然而朱常清却反问：“传庭何罪有？”
显然，朱常清也是个明白人，他清楚不解决吏治问题，赈灾的事情就无从说起，不管发下去多少钱粮，最终还是会落入贪官污吏的口袋。
正因为有了他的支持，孙传庭信心大增，随即开展京官及勋臣的京察。
九月十八日，孙传庭上奏曹国公李怀玉，成国公朱纯成、殿阁大学士张缙彦、陈演等勋臣文官二千七百六十五人皆有受贿罪行，并移交罪证于乾清宫。
彼时在京勋臣文官不过九千六百余人，孙传庭不过查了四个月，便查出如此多贪腐之人，这令朱翊釴震怒之下呕血不止，令孙传庭依法办案。
九月十九日，孙传庭与锦衣卫指挥使胡能率燕山卫、吉林卫对在京涉事官员展开缉捕。
十月初九，贵州都指挥使王崇明举兵叛乱，邀天下共讨孙传庭，以清君侧。
十月十五，老挝都指挥使李邦彦响应王崇明。
十月二十二，北洲卫王朱载堼起兵靖难，以清君侧。
一时间，西南及北洲狼烟四起，朱常清令各地都司兵马进行平叛，但各地都司武官阳奉阴违，唯陕西都指挥使曹文诏、河中都指挥使曹变蛟几人请命平叛。
冬月初二，孙传庭乞请统兵平叛，朱常清准允。
消息传出，地方震动不已，孙传庭也成为自王守仁后，第一个统军